مـؤسسه آمـوزشـي و پـژوهشـي امام خمينـي از مؤسساتي است که با انگيزة تربيت افرادي آگاه به معارف اسلامي و مسائل زمان، ضمن پاسخ‌گويي به نيازهاي جامعه و مقابله بـا برداشـت‌هـاي نــادرسـت از مفـاهيـم دينـي و گرايـش‌هاي انحرافي پايه‌گذاري شده است.
فعاليت‌هاي اين مؤسسه با تأسيس بخش آموزش «مؤسسه در راه حق» شکل گرفت. با توصيه امام راحل به ادامه و توسعه فعاليت‌هاي بخش آموزش «مؤسسه در راه حق» و تقبل هزينة آن از سوي آن رهبر فرزانه، اين برنامه‌ها در سطح وسيع‌تري ادامه يافت و به تأسيس «بنياد فرهنگي باقرالعلوم» انجاميد.
پـس از رحلت حضرت امام، بـا عـنايت‌هـا و حمايت‌هاي بي‌دريغ خلف صالحش، مقام معظم رهبري حضرت آيت‌الله خامنه‌اي (مدظله‌العالي) فعاليت‌هاي مؤسسه، توسعه و ادامه يافت، تا اينکه با کمک‌هاي مادي و معنوي ايشان، در سال 1374، مؤسسة آموزشي و پژوهشي امام خميني در محل فعلي آن تأسيس و رسميت آن در تاريخ 20/4/1374 از سوي شوراي عالي انقلاب فرهنگي به وزارت فرهنگي و آموزش عالي ابلاغ شده است.
رياست
طبق اساسنامه، رياست و مديريت مؤسسه از سوي رهبر معظم انقلاب (مدظله العالي) تعيين مي‌شود. در حال حاضر اين مهم از سوي معظم‌له به حضرت علامه محمدتقي مصباح يزدي (مدظله العالي) واگذار شده است. ايشان که خود به‌عنوان يک فقيه، فيلسوف، متفکر و صاحب‌نظر مسائل اسلامي شناخته شده است، از ديرباز با مسائل و مشکلات حوزه‌هاي علميه آشنايي داشته و با ارائه طرح آموزشي بلندمدت و پي‌گيري‌هاي مستمر، نقش اساسي در راه‌اندازي و پيشبرد مؤسسه ايفا نموده‌اند.
اهداف
مهم‌ترين اهداف مؤسسة آموزشي و پژوهشي باتوجه به رسالت آن عبارتند از:
1. تبيين و به‌کارگيري معارف اسلامي در رشته‌هاي مختلف علوم انساني؛
2. تربيت محققان صاحب‌نظر در معارف اسلامي و علوم انساني و داراي صلاحيت علمي لازم براي مقابله با انديشه‌هاي انحرافي و التقاطي؛
3. تربيت اساتيد باتجربه و متعهد به‌منظور تأمين اعضاي هيئت علمي حوزه و دانشگاه؛
فعالیت‌های آموزشي
مؤسسه هم‌اکنون در سطوح کارشناسي، کارشناسي ارشد و دکتري، در رشته‌هاي مختلف علوم اسلامي و انساني پذيراي دانش‌پژوهان است، همچنين آموزش‌هاي مقطع کارشناسي مؤسسه، علاوه‌بر قم در اصفهان، يزد، اردبيل، تهران، کرمان و کرمانشاه، بجنورد، کاشان و اراک نيز برگزار مي‌شود.
براساس مصوبات شوراي عالي انقلاب فرهنگي، شوراي عالي حوزه علميه قم و مجوز وزارت علوم، تحقيقات و فناوري، به‌منظور پذيرش علاقهمندان به تحصيل در دوره‌هاي کارشناسي حضوري در 13 رشته (ويژه برادران) و نيمه‌حضوري در 7 رشته (برادران و خواهران) از ميان طلاب داراي سطـح يـک حوزه‌هاي علميـه سراسـر کشور با نظارت سازمـان سنجـش آمـوزش کشور هر ساله در اسفندماه آزمون ورودي برگزار مينمايد.
همچنين، معاونت آموزش مؤسسه در مقاطع ارشد و دکتري فقط از بين فارغ‌التحصيلان مقطع کارشناسي مؤسسه دانشجو ميپذيرد. تاکنون پذيرش 4214 نفر در مقطع کارشناسي، 1401 نفر در مقطع کارشناسي ارشد و 176 نفر در مقطع دکتري در برنامه‌های موسسه آموزش دیده‌اند.
علاوه بر آموزش‌های رسمی مؤسسه، مدیریت آموزش‌های آزاد، معارف بنیادین اسلامی را در دوره‌های آموزشی کوتاه مدت برای دانشجویان و اساتید دانشگاه، نخبگان کشوری، دبیران و مدیران نظام آموزش می‌دهد که تاکنون حدود 40هزار نفر در این در این دوره‌ها شرکت کرده‌اند.
فعاليت‌هاي پژوهشي
مؤسسه در بخش پژوهش، فعاليت‌هاي گسترده‌اي دارد از قبيل:
الف) تأليف و تدوين کتب درسي و آموزشي؛
ب) تأليف و تدوين طرح‌هاي پژوهشي و پايان‌نامه‌هاي فارغ‌التحصيلان مؤسسه؛
ج) تأليف و تدوين مجموعه آثار علامه مصباح يزدي؛
د) برگزاري همايش‌هاي استاني، ملي و بين‌المللي؛
ه) برگزاري نشست‌هاي علمي و تخصصي در سطح استاني، ملي و بين‌المللي؛
و) اجراي طرح‌هاي پژوهشي در 22 کارگروه با موضوع‌هاي مختلف علوم انساني؛
ز) برگزاري دوره‌هاي مختلف کارورزي تحقيق و ترجمه؛
ح) برگزاري دوره‌هاي کرسي‌هاي نظريه‌پردازي، نوآوري، نقد و مناظره؛
ط) چاپ و نشر مجله در 12 گرايش علوم انساني که 9 مجلة علمي ـ پژوهشي (فصلنامه‌هاي معرفت فلسفي، روان‌شناسي و دين، معرفت فرهنگي اجتماعي، معرفت اديان و دوفصلنامه‌هاي قرآن شناخت، معرفت اقتصاد اسلامي، معرفت کلامي، معرفت سياسي، تاريخ در آينة پژوهش)، 4 مجلة علمي ـ ترويجي (ماهنامة معرفت، فصلنامه‌هاي معارف عقلي، معرفت اخلاقي، اسلام و پژوهش‌هاي تربيتي) و 5 مجلة علمي ـ تخصصي (دوفصلنامه‌هاي اسلام و پژوهش‌هاي مديريتي، حکمت عرفاني، پژوهش، معرفت حقوقي، معارف منطقي) مي‌باشند.
فعایت‌های فرهنگی
معاونت فرهنگی مؤسسه در تقویت بعد فرهنگی و تهذیب و اخلاق، مشاوره و تربیت مربی اخلاق گام‌های بلندی برداشته و فعالیت‌های ویژه و گسترده‌ای انجام می‌دهد.
مراکز وابسته
1. انتشارات: انتشارات مؤسسه که هم‌اکنون يکي از چند ناشر بزرگ ايران به‌شمار مي‌رود، تاکنون بيش از 650 عنوان کتاب را چاپ و منتشر کرده و 10بار به‌عنوان ناشر نمونه در سال‌هاي 1378، 1379، 1383، 1384، 1385، 1386و1390 معرفی شده است. همچنين اين انتشارات، مرکز پخش بيش از 7000 عنوان کـتاب در زميـنه علـوم اسلامي و انساني نيز مي‌باشد.
2. انجمن فارغ‌التحصيلان: اين انجمن به‌عنوان کانوني براي سامان‌دهي دانش‌آموختگان مؤسسه از سال 1377 فعاليت خود را آغاز کرده و متشکل از 1655 عضو فارغ‌التحصيل مؤسسه، در سه مقطع کارشنـاسي، کارشـناسي ارشد و دکتري است.
3. دانشگاه فرهنگ و معارف اسلامي: اين دانشگاه به‌منظور نشر معارف اسلامي و آشنا نمودن اقشار مختلف مردم با علوم اسلامي در سال 1386 آغاز به کار کرده و از روش‌هاي مجازي (اينترنتي) و نيمه‌حضوري (مکاتبه‌اي) جهت آموزش به دانشجويان علاقه‌مند بهره مي‌گيرد.
4. دفتر پژوهش‌هاي فرهنگي: با عنايات مقام معظم رهبري اين دفتر تحت اشراف آيت‌الله مصباح يزدي، دوم مردادماه 1379 کار خود را شروع و دو هدف اصلي آن، شناسايي و ايجاد ارتباط بين نيروها و تشکل‌هاي ارزشي هم‌سو در سراسر کشور، و حمايت و پشتيباني فکري گروه‌ها و تشکل‌ها و نيروهاي ولايت‌مدار در حد امکان بوده است.
5. مرکز پژوهشي دائره‌‌المعارف علوم عقلي اسلامي: اين مرکز با رسالت معرفي مباني عقلي معارف ديني و ميراث عقلي انديشمندان مسلمان، در سال 1380 تأسيس شد. اين مرکز براي انجام رسالت خود، سه هدف ذيل را تعريف کرده و دنبال مي‌کند:
الف) هدف کوتاه‌مدت: انجام برخي از مطالعات مقدماتي و اوليه، انجام برخي تحقيقات بنيادين که زمينة تدوين دائرة‌‌المعارف و فرهنگنامههاي علوم عقلي را فراهم مي‌کند، و نيز تربيت نيروهـاي علمـي لازم و فـراهـم کردن امکانات سخت‌افزاري و نرم‌افزاري براي انجام تحقيقات سريع و آسان؛
ب) هـدف ميـان‌مـدت: تدويـن فرهنگ‌‌نامه‌هايي در اصطلاحات هريک از رشته‌هاي اصلي علوم عقلي و شاخه‌هاي آن، و فرهنگنامههاي فرق و مذاهب کلامي و اعلام علوم عقلي اسلامي؛
ج) هدف بلندمدت: تدوين دائرة‌‌المعارفـي در علوم عقلي اسلامي با معيارهاي بين‌المـللي در دائرة‌‌المعارف‌نويسي.
